Proteòmica

A través de l'ús de la proteòmica com a eina d'estudi podrem entendre millor la medicina translacional i ajudar a la medicina personalitzada. 

 

La Unitat de Proteòmica de l'IDIBELL dóna suport científic i tecnològic als diferents investigadors de la institució i externs en diferent àrees.

 

El nostre personal tècnic té una àmplia experiència en disseny experimental, anàlisi de preparació de mostres, fluxos de treball analítics, mineria i visualització de dades bioinformàtiques, redacció de projectes i preparació de manuscrits.

 

La Unitat col·labora amb la plataforma de proteòmica del Parc Científic de Barcelona (PCB) i té accés a equips d'última generació gràcies a col·laboracions amb entitats de la Xarxa de Proteòmica d'Espanya.

Serveis 

Interaccions proteïna-proteïna

  • Configuració d’experiments d'interacció proteïna-proteïna (IP, AP-MS)
  • Caracterització de les interaccions proteïna-proteïna (IP, AP-MS)

Modificacions post-traduccionals

  • Identificació i quantificació d'acetil, metil, Gly-Gly PTM i proteïna purificada (LC o IP)
  • Identificació i quantificació de modificacions post-traduccionals en histones purificades
  • Quantitat de modificacions post-traduccionals en histones purificades.
  • Identificació de fosforilació PTM d'una proteïna purificada (LC o IP)

Quantificació de (fosfo)proteomes sense etiquetar

  • Quantificació de proteïnes sense etiquetar en mostres complexes amb i sense anàlisi estadística
  • Quantificació de fosfopèptids sense etiquetar en mostres complexes amb i sense anàlisi estadística

Quantificació de proteomes basada en etiquetes (fosfos)

  • Quantitat de proteïnes en mostres complexes per SILAC amb i sense anàlisi estadística
  • Quantitat de proteïnes en mostres complexes per iTRAQ amb i sense anàlisi estadística
  • Quantitat de proteïnes en mostres complexes per TMT amb i sense anàlisi estadística
  • Quantificació de fosfòptids en mostres complexes per SILAC amb i sense anàlisi estadística

Anàlisi d'una sola proteïna

  • Confirmació d'una proteïna sobreexpressada en mostres complexes
  • Identificació d'una proteïna en una banda de gel
  • Determinació del pes molecular de la proteïna intacta

Proteòmica dirigida

  • Selecció de pèptids per quantificació de proteòmica específica amb SRM
  • Optimització dels mètodes SRM per a la quantificació de proteïnes específiques
  • Quantitat de proteïnes orientades amb SRM amb i sense anàlisi estadística
  • Selecció de pèptids per quantificació de proteòmica dirigida amb PRM
  • Optimització dels mètodes de PRM per a la quantificació de proteïnes específiques
  • Quantitat de proteïnes orientades amb PRM amb i sense anàlisi estadística
  • Selecció de pèptids per quantificació de proteòmica específica amb DIA
  • Optimització dels mètodes DIA per a la quantificació de proteïnes específiques
  • Quantitat de proteïnes orientades amb DIA amb i sense anàlisi estadística
Aparells 

Equipament (en col·laboració amb entitats externes)

Gràcies a la col·laboració amb entitats externes, la Unitat de Proteòmica té accés a equips d'última generació que incorporen cromatografia líquida d'alta resolució, sistemes d'electroforesi i quatre espectròmetres de massa avançats per identificar i quantificar les proteïnes d'interès. Els instruments disponibles a la Unitat de Proteòmica abasten les tècniques més avançades en el camp de la proteòmica.

 

Espectòmetres de masses

  • LTQ-Orbitrap Fusion Lumos (Thermo) Any de compra: 2015.
  • Q-TOF 5600 (Sciex). Any de compra: 2013.
  • Q-Trap 5500 (Sciex). Any de compra: 2011.
  • LTQ-Orbitrap Velos Pro (Thermo). Any de compra: 2010.
  • LTQ-Orbitrap XL (Thermo). Any de compra: 2008.


Sistemes de cromatografia

  • 1x Nano-HPLC chromatographic equipment (Agilent)
  • 2x Nano-HPLC chromatographic (Eksigent)
  • 3x Nano-HPLC chromatographic (Thermo Proxeon)
  • 1x Micro-HPLC chromatographic equipment (Agilent)


Equipament informàtic

  • HP Server X5660 DL360G6/G7 (2xCPU, 12 cores, 64 GB RAM).
  • ProLiant BL460c Gen9 (2xCPU E5-2690 v4, 28 cores, 64 GB)


Software 

  • Mascot Server v2.4 (Matrix Science).
  • Proteome Discoverer v2.1 (Thermo).
  • PEAKS 7.0 (Peaks).
  • Progenesis 2.0 (Waters)
  • Open Source packages installed as part of the data analysis pipeline: Transproteomics Pipeline, OpenMS 1.9, PeptideShaker, OMSSA, XTandem.
Certificacions 
La Unitat de Proteòmica forma part de la “Plataforma de Recursos Biomolecularesy Bioinformáticos Programa de Proteómica” (ISCIII AES-2013-PRB2) i del Spanish Human ProteomeProject Chr 16 Consortium (SpHPP) (grup de proteòmica dirigit S/MRM i grup de seqüenciació), Iniciativa englobada al Human Proteome Project.