Proteómica

A través del uso de la proteómica como herramienta de estudio podremos entender mejor la medicina traslacional y ayudar a la medicina personalizada.

La Unidad de Proteómica del IDIBELL da apoyo científico y tecnológico a los diferentes investigadores de la institución y externos en diferentes áreas.

Nuestro personal técnico tiene una amplia experiencia en diseño experimental, análisis de preparación de muestras, flujos de trabajo analíticos, minería y visualización de datos bioinformáticos, redacción de proyectos y preparación de manuscritos.

La Unidad colabora con la plataforma de proteómica del Parque Científico de Barcelona (PCB) y tiene acceso a equipos de última generación gracias a su colaboración con centros externos.

Serveis 

Interacciones proteína-proteína

  • Configuración de experimentos de interacción proteína-proteína (IP, AP-MS)
  • Caracterización de las interacciones proteína-proteína (IP, AP-MS)

Modificaciones post-traduccionales

  • Identificación y cuantificación de acetil, metil, Gly-Gly PTM y proteína purificada (LC o IP)
  • Identificación y cuantificación de modificaciones post-traduccionales en histonas purificadas
  • Cantidad de modificaciones post-traduccionales en histonas purificadas.
  • Identificación de fosforilación PTM de una proteína purificada (LC o IP)
  • Cuantificación de (fosfo)proteomas sin etiquetar¡¡¡¡¡¡ Cuantificación de proteínas sin etiquetar en muestras complejas con y sin análisis estadístico
  • cuantificación de fosfopéptidos sin etiquetar en muestras complejas con y sin análisis estadístico

Cuantificación de proteomas basada en etiquetas (fosfos)

  • Cantidad de proteínas en muestras complejas por SILAC con y sin análisis estadístico
  • Cantidad de proteínas en muestras complejas por iTRAQ con y sin análisis estadístico
  • Cantidad de proteínas en muestras complejas por TMT con y sin análisis estadístico
  • Cuantificación de fosfóptidos en muestras complejas por SILAC con y sin análisis estadístico

Análisis de una sola proteína

  • Confirmación de una proteína sobreexpresada en muestras complejas
  • Identificación de una proteína en una banda de hielo
  • Determinación del peso molecular de la proteína intacta

Proteómica dirigida

  • Selección de péptidos por cuantificación de proteómica específica con SRM
  • Optimización de los métodos SRM para la cuantificación de proteínas específicas
  • Cantidad de proteínas orientadas con SRM con y sin análisis estadístico
  • Selección de péptidos por cuantificación de proteómica dirigida con PRM
  • Optimización de los métodos de PRM para la cuantificación de proteínas específicas
  • Cantidad de proteínas orientadas con PRM con y sin análisis estadístico
  • Selección de péptidos por cuantificación de proteómica específica con DIA
  • Optimización de los métodos DIA para la cuantificación de proteínas específicas
  • Cantidad de proteínas orientadas con DIA con y sin análisis estadístico
Aparells 

Equipo en colaboración con entidades externas

Gracias a la colaboración con entidades externas, la Unidad de Proteómica tiene acceso a equipos de última generación que incorporan cromatografía líquida de alta resolución, sistemas de electroforesis y cuatro espectrómetros de masas avanzados para identificar y cuantificar las proteínas de interés. Los instrumentos disponibles en la Unidad de Proteómica abarcan las técnicas más avanzadas en el campo de la proteómica.

Espectómetros de masas

  • LTQ-Orbitrap Fusion Lumos (Thermo) Año de compra: 2015
  • Q-TOF 5600 (Sciex). Año de compra: 2013. Q-Trap 5500 (Sciex). Año de compra: 2011. LTQ-Orbitrap Velos Pro (Thermo). Año de compra: 2010
  • LTQ-Orbitrap XL (Thermo). Año de compra: 2008
  • Sistemas de cromatografía¡¡¡¡¡¡ 1x Nano-HPLC chromatographic equipment (Agilent)
  • 2x Nano-HPLC chromatographic (Eksigent)
  • 3x Nano-HPLC chromatographic (Thermo Proxeon)
  • 1x Micro-HPLC chromatographic equipment (Agilent)

Equipamiento informático

  • HP Server X5660 DL360G6/G7 (2xCPU, 12 cores, 64 GB RAM)
  • ProLiant BL460c Gen9 (2xCPU E5-2690 v4, 28 cores, 64 GB)

Software

  • Mascot Server v2.4 (Matrix Science).
  • Proteome Discoverer v2.1 (Thermo).
  • PEAKS 7.0 (Peaks). Progenesis 2.0 (Waters)
  • Open Source packages installed as part of the data analysis pipeline: Transproteomics Pipeline, OpenMS 1.9, PeptideShaker, OMSSA, XTandem
Certificacions 
La Unidad de Proteómica forma parte de la “Plataforma de Recursos Biomoleculares y Bioinformáticos Programa de Proteómica” (ISCIII AES-2013-PRB2) y del Spanish Human ProteomeProject Chr 16 Consortium (SpHPP) (grupo de proteómica dirigido S/MRM y grupo de secuenciación), Iniciativa englobada al Human Proteome Project.