logo IDIBELL
Català  |   Castellano  |   English
Search
The InstituteResearchWhat's onPlatformsJoin us
 

Proteomics

 

Anàlisi del proteoma


La Unitat de Proteòmica del IDIBELL es crea com a resposta a les necessitats i demandes dels investigadors de l’IDIBELL de disposar d’aquest important suport científic-tecnològic en el propi centre, indispensables en la època post-genòmica actual per fer una recerca de qualitat i respondre moltes preguntes que no es poden abordar mitjançant tècniques de biologia molecular, genòmica o altres.

 

La proteòmica es l’estudi del proteoma d’un organisme, format per les diferents proteïnes derivades dels gens que estan expressades en un moment i condicions determinats. Per definició el proteoma es altament complex i dinàmic, i el seu estudi implica, la identificació i quantificació de les proteïnes, però també altres aspectes tan importants pels processos biològics com les modificacions postraduccionals o interaccions biomoleculars.

 

Dins del context biomèdic del HUB-ICO-IDIBELL, la Unitat de Proteòmica del IDIBELL s’ha especialitzat en quatre àrees dins del seu camp: proteòmica descriptiva, proteòmica quantitativa diferencial (caracterització i identificació de biomarcadors), modificacions postraduccionals i interaccions biomoleculars. La Unitat ofereix els seus serveis tan a investigadors propis del centre com externs i empreses privades.

 

La Unitat de Proteòmica del IDIBELL forma part de la “Plataforma de Recursos Biomoleculares y Bioinformáticos Programa de Proteómica” (ISCIII AES-2013-PRB2) i està finançada parcialment pel Instituto de Salud Carlos III.

 

Activitat


Els principals objectius de la Unitat són els següents:

  • Donar suport científic-tecnològic  a projectes d’ investigació d’ alt nivell en el camp de la Proteòmica d’acord amb els formats estàndars internacionals.
  • Assessorament integral a l’investigador, des de la planificació i disseny experimental del projecte fins l’ execució, processament de mostres, interpretació de resultats i suport en la presentació i escriptura de resultats per la seva publicació.
  • Actualitzar la cartera de serveis ofertats incorporant les tècniques més modernes i segons la demanda dels investigadors
  • Difusió i formació d’ investigadors sobre la metodologia i les aplicacions de les tècniques ofertades
  • Participar en estructures i consorcis nacionals i internacionals que afavoreixin la optimització de les tècniques proteòmiques, l’ actualització tecnològica i instrumental, i l’ estandardització, validació i utilització de controls de qualitat.
  • Participar en projectes I+D competitius.
Equipament del servei

 

1. Amazon Speed ETD Ion trap (Bruker) acoblat a nano-HPLC Proxeon II: Sistema de cromatografia nano acoblada a la trampa iònica que funciona amb una interfície nano-ESI (electrospray). Aquest equip s’utilitza per realitzar anàlisis de MS i MSn (LC-MS, LC-MSMS) per identificar proteïnes de mostres de complexitat mitjana-alta (bandes gel 1D, IPs, extractes nuclears, cel.lulars.....). Aquest masses també disposa de fragmentació complementaria de tipus ETD (electron transfer dissotiation) molt útil per caracteritzar modificacions posttraduccionals que no sempre es detecten amb la fragmentació convencional CID (collission induced dissotiation). També es poden fer estudis quantitatius de proteòmica diferencial (comparació perfil proteòmic de diferents mostres).

 

 

 

2. UltraXTreme MALDI TOF-TOF (Bruker): Espectròmetre de masses amb analitzador de temps de vol (TOF: time of flight) i ionització de mostra assistida per matriu (MALDI: matrix assisted-laser desorption ionization). Aquest equip s’utilitza per realitzar anàlisis de MS i MSMS per identificar mostres senzilles (spots de gels 2D, bandes de gels de proteïnes pures) i per mesurar la massa intacte de proteïnes senceres. Amb combinació amb el sistema de nano-HPLC i espotejador Proxeon II es poden analitzar mostres de complexitat mitjana així com realitzar estudis de proteòmica diferencial per iTRAQ.

 

 

3. IPGPHOR3, PAGE EttanDaltSix, Typhoon FLA9500, Spot Picker Ettan (GE) Sistema complert d’electroforesis bidimensional (2D) que permet realitzar estudis de proteòmica quantitativa basada en el marcatge fluorescent i posterior separació de proteïnes en gel, DIGE (differential in gel electrophoresis). Les imatges dels gels s’analitzen mitjançant un software especific (Decyder, GE) i els “spots” diferencials s’identifiquen mitjançant espectrometria de masses 

 

 

4. Biacore T200 (GE): Equip amb tecnologia SPR (Surface Plasmon Resonance)   que permet caracteritzar i analitzar interaccions biomoleculars entre proteïnes i altres molècules. Es poden determinar paràmetres cinètics (constants d’associació i dissociació), afinitat d’unió, o determinació de concentració d’analit en temps real i sense necessitat de marcatge. Existeixen diferents possibilitats d’unió o captura del lligand (chip) a la qual s’unirà la segona molècula a estudiar (analit). 


 

Serveis ofertats

 

Anàlisis de Massa molecular de proteïnes i pèptids (MS-MALDI TOF)

 

Identificació de proteïnes


Identificació de proteïnes per MALDI-TOF o LC-MALDI Identificació de proteïnes per LC-MS/MS (<5 proteïnes, gradient curt)

Identificació de proteïnes LC-MS/MS

Identificació de proteïnes mostres complexes

 

Electroforesis2


2D Electroforesis

 

Proteòmica Diferencial


2D-DIGE

iTRAQ labelling

Proteòmica dirigida MRM (col·laboració amb Instituto Aragonés de Ciencias de la Salud)

 

Identificació de modificacions posttraduccionals


Enriquiment en fosfopèptids (IMAC, TiO2)

Anàlisi de modificacions per LC-MSMS fragmentació CID/ETD

 

Eines Bioinformàtiques


Anàlisi d’ Imatges gels 2D i 2D-DIGE

Anàlisi de dades  MS-MSMS

 

Interaccions Bimoleculars

Afinitat, Binding, Cinètiques 

 

Per altres tècniques o aproximacions consulteu al personal de la Unitat.

 

Llistat complert i tarifes (PDF)

 

Personal

 

 

Responsable de la Unitat

Sílvia Barceló Batllori, PhD    
sbarcelo@idibell.cat

 

Tècnic Especialista Postdoc

Dra. Carolina de la Torre       
gdelatorre@idibell.cat

 

Laboratori:

Proteomica@idibell.cat

Tel: 93 260 7775 ext 3291

 

Projectes I+D


Una de les nostres activitats es la participació en el projecte Spanish Human Proteome Project Chr 16 Consortium (SpHPP) (grup de proteòmica dirigida S/MRM i grup de seqüenciació), iniciativa englobada en el Human Proteome Project (http://community.uv.es/) i en la “Plataforma de Recursos Biomoleculares y Bioinformáticos Programa de Proteómica” (ISC-III AES-2013-PRB2).


 

Entrega de mostres
  1. Abans de començar els vostres experiments poseu-vos en contacte amb el personal de la Unitat. Us assessorarem sobre la millor aproximació i disseny experimental i les diferents tecnologies disponibles per respondre a les vostres necessitats.
  1. Tots els procediments experimentals i anàlisi d’espectrometria els realitzarà el propi personal especialitzat de la Unitat. Les tècniques d’electroforesis bidimensional, DIGE i anàlisi d’interaccions (Biacore) es poden realitzar pel propi investigador (autousuari) prèvia formació pel personal de la Unitat i acceptació.
  1. Completar i enviar-nos la sol·licitud corresponent al anàlisi desitjat (link formularis corresponent). Incloure una imatge del gel i informació addicional de les mostres/anàlisi que penseu pugui ser rellevant. 
  1. Consideracions generals per la preparació de mostres
    1. Treballeu en un ambient net “lliure de queratines” sempre que sigui possible (guants, bates, cabell recollit, cabines de fluxe laminar o similar per gels….)
    2. Eviteu parlar/respirar sobre les mostres
    3. Eviteu material/contenidors on s’hagi treballar amb albúmina, llet en pols o altres contaminants proteics o de qualsevol tipus. Netegeu bé el material i esbandiu-lo amb aigua mQ seguit de MeOH o acetona.
    4. Per gels recomanem fer una tinció amb blau de coomassie i per mostres en solució intenteu evitar concentracions elevades de sals i detergents
    5. Els resultats us seran entregats o bé per email o seran dipositats al servidor de proteòmica (ftp proteòmica IDIBELL).

 

Publicacions (selecció)

Segura, V,  Medina-Aunon,  JA,  Mora, MI, Martínez-Bartolomé, S, Abian, J, Aloria, K, Antúnez, O, Arizmendi, JM, Azkargorta, M,Barceló-Batllori, S, et al. Surfing transcriptomic landscapes.  A step beyond the annotation of Chromosome 16 proteome. Journal of Proteome Research, 2014, 13, 158-72. 

 

Baila-Rueda, L., Cenarro, A., Cofan, M., Orera, I., Barceló-Batllori, S. , et al New fast method for serum non-cholesterol sterols quantification by high performed liquid chromatography coupled to mass spectrometry.   Analytical Methods 2013, 5, 2249 

 

Flix, B, de la Torre, C., Castillo J, Casal C, Illa I, Gallardó E. Unraveling the interactions between proteins constituting the dysferlin complexInternational Journal of Biochemistry & Cell Biology 2013, 45, 1927-38. 

 

Ramirez, A., Barceló-Batllori, S., Fernández-Vizarra, E., Navarro, M.A. et al. Proteomics and gene expression analyses of mitochondria from squalene-treated apoE-deficient mice identify short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase changes associated with fatty liver amelioration.  J Proteomics. 2012, 75, 2563-75.

 

Amigó, M., Barceló-Batllori, S., Soria, G., Krezymon, A., Benani, A, Pénicaud, L, Tudela, R, Fernández, E., Gomis, R. and Carmona, MC Sodium tungstate modulates hypothalamic axonal growth  PLoSOne, 2012, 7, e39087

 

Ramirez, A., Barceló-Batllori, S., Martínez-Beamonte, R.,  Navarro, M.A., Surra, J.C., Arnal, C., Guillén, N., Acín, S. and Osada, J. Proteomics and gene expression analyses of squalene-supplemented mice identify microsomal thioredoxin domain-containing protein 5 changes associated with hepatic steatosis. J Proteomics. 2012, 77, 27-39.

 

Nikolovski Z, De La Torre C, Chiva C, Borràs E, Andreu D, Ventura R, Segura J. Alterations of the erythrocyte membrane proteome and cytoskeleton network during storage - a possible tool to identify autologous blood transfusión. Drug Test Anal. 2012 Apr 29. doi: 10.1002/dta.1342

 

Fiddyment, S., Barceló-Batllori, S., Pocoví, M. and García-Otín, AL. Expression and purification of recombinant apolipoprotein A-I Zaragoza (L144R) and formation of reconstituted HDL particles Protein Expr Purif2011, 80, 110-116.

 

Amigó-Correig, M., Barceló-Batllori, S., Piquer, S., Soty, M., Pujades, G., Gasa, R., Bortolozzi, A., Carmona MC. and Gomis, R Sodium tungstate regulates food intake and body weight through activation of the hypothalamic leptin pathway Diabetes Obes Metab, 2011, 13, 235-242

 

Julve J, Escolà-Gil JC, Rotlan N, Fiévet C, Vallez E, de la Torre C, Ribas V, Sloan JH, Blanco-Vaca F. Human apoliprotein A-II determines plasma triglycerides by regulating lipoprotein lipase activity and high-density lipoprotein proteome. Arterioscler. Thromb Vasc Biol 2010, 30(2):232-8

 

Barceló-Batllori, S.#, and Gomis, R.# (#corresponding authors) Proteomics in obesity research. Proteomics Clinical Appl, 2009, 3, 263-278.

 

De la Torre C, Illa I, Faulkner G, Soria L, Robles-Cedeño R, Dominguez-Perles R, De Luna N, Gallardo E.  Proteomics identification of differentially expressed proteins in the muscle of dysferlin myopathy patients. Proteomics Clin Appl. 2009, 3, 486-97.

 

Casals-Casas C, Alvarez E, Serra M, de la Torre C, Farrera C, Sánchez-Tilló E, Caelles C, Lloberas J, Celada A. CREB and AP-1 activation regulates MKP-1 induction by LPS or M-CSF and their kinetics correlate with macrophage activation versus proliferation.Eur J Immunol. 2009; 39(7):1902-13.

 

Barceló-Batllori, S.#, Kalko, S., Esteban, Y. Moreno, S., Carmona, MC. and Gomis, R#. Integration of DIGE and bioinformatics analyses reveals a role of the anti-obesity agent tungstate in redox and energy homeostasis pathways in brown adipose tissue.  Molecular and Cellular Proteomics, 2008, 7, 378-393.

Links

 

 

http://www.proteored.org/

 

 

 

 

 

http://community.uv.es/

 

 

 

 

 

http://www.thehpp.org/

 

 

 

 

 

http://www.hupo.org/

 

 

 

 

http://www.cbm.uam.es/seprot/index.htm

 

 

 

 

http://www.eupa.org/

 

 

 

 

http://expasy.org/proteomics

 

 

 

 

http://www.uniprot.org/

 

 

 

 

http://www.mcponline.org/

 

 

 

 

 

http://pubs.acs.org/journal/jprobs

 

 

 

 

 

http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)1615-9861

 

 

 

 

http://www.journals.elsevier.com/journal-of-proteomics/

 

 

 

 

http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)1862-8354

 

 

 

 

http://www.pebc.cat/

 
© 2017 Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge



Results by pageInitial date
Select date
TitleFinal date
Select date
Search


Your password is about to expire. Please, write in a new password to continue

Remember this password allows you to access to all IDIBELL’s web applications

New password:
Confirm new password:

Accept



Your password is about to expire. Please, write in a new password to continue

Remember this password allows you to access to all IDIBELL’s web applications

New password:
Confirm new password:

Accept


Cancell

Passwords doesn’t match
The password must have at least 6 characters
The new password can not contain special characters
User register

Name
Surname
Second Surname
E-mail
User
Password
Language


Accept


Cancell




Encara no heu contestat l'enquesta de satisfacció sobre la píndola formativa sobre patents. No trigareu més de cinc minuts a fer-ho. La vostra opinió és molt important per millorar l’IDIBELL.

Voleu fer l’enquesta ara?

Yes

No




Further personal and contact information is needed to maintain IDIBELL databases.

Do you wish to fill the form now?

Yes

No





Please, remember to introduce your holiday’s planning in the application

Accept

Cancell