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Proteómica

 

 

Análisis del proteoma


La Unidad de Proteómica del IDIBELL se crea como respuesta a las necesidades y demandas de los investigadores del IDIBELL de disponer de este importante apoyo científico-tecnológico en el propio centro, indispensable en la época post-genómica actual para hacer una investigación de calidad y responder a muchas preguntas que no se pueden abordar mediante técnicas de biología molecular, genómica u otras.

 

La proteómica es el estudio del proteoma de un organismo, formado por las diferentes proteínas derivadas de los genes que están expresados en un momento y condiciones determinados. Por definición el proteoma es altamente complejo y dinámico, y su estudio implica la identificación y cuantificación de las proteínas, pero también otros aspectos tan importantes para los procesos biológicos como las modificaciones postraduccionales o las interacciones biomoleculares.

 

En el contexto biomédico del HUB-ICO-IDIBELL, la Unidad de Proteómica del IDIBELL se ha especializado en cuatro áreas dentro de su campo: proteómica descriptiva, proteómica cuantitativa diferencial (caracterización e identificación de biomarcadores), modificaciones postraduccionales e interacciones biomoleculares. La Unidad ofrece sus servicios tanto a investigadores propios del centro como externos y empresas privadas .

 

La Unidad de Proteómica del IDIBELL forma parte de la "Plataforma de Recursos biomoleculares y bioinformáticos Programa de Proteómica" (ISCIII AES-2013- PRB2) y está financiada parcialmente por el Instituto de Salud Carlos III.

 

Actividad


Los principales objetivos de la Unidad son los siguientes:

  • Dar apoyo científico-tecnológico  a proyectos de investigación de alto nivel en el campo de la Proteómica de acuerdo con los formatos estándares internacionales.
  • Asesoría integral al investigador, desde la planificación y diseño experimental del proyecto hasta la ejecución, procesamiento de muestras, interpretación de resultados y apoyo en la presentación y escritura de resultados para su publicación.
  • Actualizar la cartera de servicios ofertados incorporando las técnicas más modernes y según la demanda de los investigadores.
  • Difusión y formación de investigadores sobre la metodología y las aplicaciones de las técnicas ofertadas.
  • Participar en estructuras y consorcios nacionales e internacionales que favorezcan la optimización de las técnicas proteómicas, la actualización tecnológica e instrumental, i la estandardización, validación y utilización de controles de calidad
  • Participar en proyectos I+D competitivos.
Equipamiento del servicio

 

1. Amazon Speed ETD Ion trap (Bruker) acoplado a nano-HPLC Proxeon II: Sistema de cromatografía nano acoplada a la trampa iónica que funciona con una interfície nano-ESI (electrospray). Este equipo se utiliza para realizar análisis de MS i MSn (LC-MS, LC-MSMS) para identificar proteínas de muestras de complejidad mediana-alta (bandas gel 1D, IPs, extractos nucleares, celulares.....). También dispone de fragmentación complementaria de tipo ETD (electron transfer dissotiation) muy útil para caracterizar modificaciones posttraduccionales que no siempre se detectan con la fragmentación convencional CID (collission induced dissotiation). También se pueden realizar estudios cuantitativos de proteómica diferencial (comparación perfil proteómico de diferentes muestras).

 

 

 

2. UltraXTreme MALDI TOF-TOF (Bruker): Espectrómetro de masas con analizador de tiempo de vuelo (TOF: time of flight) e ionización de muestra asistida por matriz (MALDI: matrix assisted-laser desorption ionization). Este equipo se utiliza para realizar análisis de MS i MSMS para identificar muestras sencillas (spots de geles 2D, bandas de geles de proteínas puras) y para medir la masa intacta de proteínas enteras. En combinación con el sistema de nano-HPLC y espoteador Proxeon II se pueden analizar muestras de complejidad media así como realizar estudios de proteómica diferencial por iTRAQ.

 

 

3. IPGPHOR3, PAGE EttanDaltSix, Typhoon FLA9500, Spot Picker Ettan (GE) Sistema completo de electroforesis bidimensional (2D) que permite realizar estudios de proteómica cuantitativa basada en el marcaje fluorescente y posterior separación de proteínas en gel, DIGE (differential in gel electrophoresis). Las imágenes de los geles se analizan mediante un software específico (Decyder, GE) y los “spots” diferenciales se identifican mediante espectrometría de masas. 

 

 

4. Biacore T200 (GE): Equipo con tecnología SPR (Surface Plasmon Resonance)  que permite caracterizar y analizar interacciones biomoleculares entre proteínas y otras moléculas. Se pueden determinar parámetros cinéticos (constantes de asociación y disociación), afinidad de unión, o determinación de concentración en tiempo real y sin necesidad de marcaje. Existen diferentes posibilidades de unión o captura del ligando (chip) al que se unirá la segunda molécula a estudiar (anali). 


 

Servicios  ofertados

 

Análisis de Masa molecular de proteínas y péptidos (MS-MALDI TOF)

 

Identificación de proteínas


Identificación de proteínas por MALDI-TOF o LC-MALDI

Identificación de proteínas por LC-MS/MS (<5 proteínas, gradiente corto)

Identificación de proteínas LC-MS/MS

Identificación de proteínas de muestras complejas

 

Electroforesis


2D Electroforesis

 

Proteómica Diferencial


2D-DIGE

iTRAQ labelling

Proteómica dirigida MRM (colaboración con el Instituto Aragonés de Ciencias de la Salud)

 

Identificación de modificaciones posttraduccionales


Enriquecimiento en fosfopéptidos (IMAC, TiO2)

Análisis de modificaciones por LC-MSMS fragmentación CID/ETD

 

Herramientas Bioinformáticas


Análisis de Imágenes geles 2D i 2D-DIGE

Análisis de datos  MS-MSMS

 

Interacciones Bimoleculares

Afinidad, Binding, Cinéticas 

 

Peara otras técnicas o aproximaciones consultad al personal de la Unidad.

 

Listado completo y tarifas (PDF)

 

Personal

 

 

Responsable de la Unidad

Sílvia Barceló Batllori, PhD    
sbarcelo@idibell.cat

 

Técnico Especialista Postdoc

Dra. Carolina de la Torre       
gdelatorre@idibell.cat

 

Laboratorio:

Proteomica@idibell.cat

Tel: 93 260 7775 ext 3291

 

Proyectos I+D


Una de nuestras activitades es la participación en el proyectoo Spanish Human Proteome Project Chr 16 Consortium (SpHPP) (grupo de proteómica dirigida S/MRM y grupo de secuenciación), iniciativa englobada en el Human Proteome Project (http://community.uv.es/) y en la “Plataforma de Recursos Biomoleculares y Bioinformáticos Programa de Proteómica” (ISC-III AES-2013-PRB2).


 

Entrega de muestras
  1. Antes de empezar vuetsros experimentos poneos en contacto con el personal de la Unidad. Os asesoraremos sobre la mejor aproximación y diseño experimental y las diferentes tecnologías disponibles para responder a vuestras necesidades.
  1. Todos los procedimientos experimentales y análisis de espectrometría los realizará el personal especializado de la Unidad. Las técnicas de electroforesis bidimensional, DIGE y análisis de interaccions (Biacore) las puede realizar el  nvestigador (autousuario) previa formación a cargo del personal de la Unidad y acceptación.
  1. Completar y enviar la sollicitud correspondiente al análisis deseado (link formulario). Incluir una imágen del gel e información adicional de las muestras/análisis que penseis que pueda ser relevante. 
  1. Consideraciones generales para la preparación de muestras:
    1. Trabajad en un ambiente limpio “libre de queratinas” siempre que sea posible (guantes, batas, pelo recogido, cabinas de flujo laminar o similar para geles….)
    2. Evitad hablar/respirar sobre las muestras.
    3. Evitad material/contenedors donde se deba de trabajar con albúmina, leche en polvo u otros contaminantes proteícos o de cualquier tipo. Limpiad bien el material y acalarádlo con agua mQ segudo de MeOH o acetona.
    4. Para geles recomendamos hacer una tinción con azul de coomassie y para muestras en solución intentad evitar concentraciones elevadas de sales y detergentes
    5. Los resultados se entregarán o per mail o seran dipositados en el servidor de proteòmica (ftp proteòmica IDIBELL).

 

Publicaciones (selección)

Segura, V,  Medina-Aunon,  JA,  Mora, MI, Martínez-Bartolomé, S, Abian, J, Aloria, K, Antúnez, O, Arizmendi, JM, Azkargorta, M,Barceló-Batllori, S, et al. Surfing transcriptomic landscapes.  A step beyond the annotation of Chromosome 16 proteome. Journal of Proteome Research, 2014, 13, 158-72. 

 

Baila-Rueda, L., Cenarro, A., Cofan, M., Orera, I., Barceló-Batllori, S. , et al New fast method for serum non-cholesterol sterols quantification by high performed liquid chromatography coupled to mass spectrometry.   Analytical Methods 2013, 5, 2249 

 

Flix, B, de la Torre, C., Castillo J, Casal C, Illa I, Gallardó E. Unraveling the interactions between proteins constituting the dysferlin complexInternational Journal of Biochemistry & Cell Biology 2013, 45, 1927-38. 

 

Ramirez, A., Barceló-Batllori, S., Fernández-Vizarra, E., Navarro, M.A. et al. Proteomics and gene expression analyses of mitochondria from squalene-treated apoE-deficient mice identify short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase changes associated with fatty liver amelioration.  J Proteomics. 2012, 75, 2563-75.

 

Amigó, M., Barceló-Batllori, S., Soria, G., Krezymon, A., Benani, A, Pénicaud, L, Tudela, R, Fernández, E., Gomis, R. and Carmona, MC Sodium tungstate modulates hypothalamic axonal growth  PLoSOne, 2012, 7, e39087

 

Ramirez, A., Barceló-Batllori, S., Martínez-Beamonte, R.,  Navarro, M.A., Surra, J.C., Arnal, C., Guillén, N., Acín, S. and Osada, J. Proteomics and gene expression analyses of squalene-supplemented mice identify microsomal thioredoxin domain-containing protein 5 changes associated with hepatic steatosis. J Proteomics. 2012, 77, 27-39.

 

Nikolovski Z, De La Torre C, Chiva C, Borràs E, Andreu D, Ventura R, Segura J. Alterations of the erythrocyte membrane proteome and cytoskeleton network during storage - a possible tool to identify autologous blood transfusión. Drug Test Anal. 2012 Apr 29. doi: 10.1002/dta.1342

 

Fiddyment, S., Barceló-Batllori, S., Pocoví, M. and García-Otín, AL. Expression and purification of recombinant apolipoprotein A-I Zaragoza (L144R) and formation of reconstituted HDL particles Protein Expr Purif2011, 80, 110-116.

 

Amigó-Correig, M., Barceló-Batllori, S., Piquer, S., Soty, M., Pujades, G., Gasa, R., Bortolozzi, A., Carmona MC. and Gomis, R Sodium tungstate regulates food intake and body weight through activation of the hypothalamic leptin pathway Diabetes Obes Metab, 2011, 13, 235-242

 

Julve J, Escolà-Gil JC, Rotlan N, Fiévet C, Vallez E, de la Torre C, Ribas V, Sloan JH, Blanco-Vaca F. Human apoliprotein A-II determines plasma triglycerides by regulating lipoprotein lipase activity and high-density lipoprotein proteome. Arterioscler. Thromb Vasc Biol 2010, 30(2):232-8

 

Barceló-Batllori, S.#, and Gomis, R.# (#corresponding authors) Proteomics in obesity research. Proteomics Clinical Appl, 2009, 3, 263-278.

 

De la Torre C, Illa I, Faulkner G, Soria L, Robles-Cedeño R, Dominguez-Perles R, De Luna N, Gallardo E.  Proteomics identification of differentially expressed proteins in the muscle of dysferlin myopathy patients. Proteomics Clin Appl. 2009, 3, 486-97.

 

Casals-Casas C, Alvarez E, Serra M, de la Torre C, Farrera C, Sánchez-Tilló E, Caelles C, Lloberas J, Celada A. CREB and AP-1 activation regulates MKP-1 induction by LPS or M-CSF and their kinetics correlate with macrophage activation versus proliferation.Eur J Immunol. 2009; 39(7):1902-13.

 

Barceló-Batllori, S.#, Kalko, S., Esteban, Y. Moreno, S., Carmona, MC. and Gomis, R#. Integration of DIGE and bioinformatics analyses reveals a role of the anti-obesity agent tungstate in redox and energy homeostasis pathways in brown adipose tissue.  Molecular and Cellular Proteomics, 2008, 7, 378-393.

 

 

Links


 

 

http://www.proteored.org/

 

 

 

 

 

http://community.uv.es/

 

 

 

 

 

http://www.thehpp.org/

 

 

 

 

 

http://www.hupo.org/

 

 

 

 

http://www.cbm.uam.es/seprot/index.htm

 

 

 

 

http://www.eupa.org/

 

 

 

 

http://expasy.org/proteomics

 

 

 

 

http://www.uniprot.org/

 

 

 

 

http://www.mcponline.org/

 

 

 

 

 

http://pubs.acs.org/journal/jprobs

 

 

 

 

 

http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)1615-9861

 

 

 

 

http://www.journals.elsevier.com/journal-of-proteomics/

 

 

 

 

http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)1862-8354

 

 

 

 

http://www.pebc.cat/

 
© 2017 Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge



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